Karadeniz Teknik Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü 04.11.1981 tarihli 2547 Sayılı YÖK Kanunun 19. Maddesi kapsamında 20.07.1982 tarihinde yayımlanan 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararnamenin 28/7 maddesi gereğince kurulmuş ve 28.03.1983 tarih ve 2809 sayılı kanun ile de kanunlaşmıştır.

Enstitüde yürütme görevini yapan Enstitü Yönetim Kurulu, Enstitü Müdürü, Müdür Yardımcıları ve Enstitü Kurulu’nca seçilmiş olan üç öğretim üyesi olmak üzere altı üyeden oluşmaktadır. Enstitü Müdürünün başkanlığını yaptığı Enstitü Kurulu ise Enstitü Müdür Yardımcıları ile Anabilim Dalları Başkanlarından oluşmakta ve üst akademik organ olarak Yüksek Öğretim Kanunu ile fakülte kurullarına verilmiş olan görevleri enstitü bakımından yerine getirmektedir. Fen Bilimleri Enstitüsü’nde toplam 36 anabilim dalı mevcuttur. Bunlar;

Öğrencilerinin tamamladıkları lisansüstü tezlerde daima akademik ve bilimsel mükemmeliyet, yüksek kalite arayan Enstitümüz, hızlı bir gelişme içindedir. Enstitümüzde lisansüstü eğitim yapmak isteyen öğrencilerin yeterli düzeyde İngilizce bilmeleri gerekmektedir. Yeterli düzeyde İngilizce bilmeyen öğrenciler, seviyelerine bağlı olarak, bir veya iki yarıyıl süreyle Enstitümüzce İngilizce hazırlık sınıfına alınmaktadır.